Najpierw go trzeba zaznaczyć. Zaznaczanie atomów odbywa się przez ich jonizację, czyli pozbawienie jednego (lub więcej) elektronów. I to jest proces delikatny - zbyt gwałtowna jonizacja powoduje nie tylko "odarcie" z elektronu, a również fragmentację drobiny, tak że często trudno poznać po fragmentach, jak wyglądała całość.
Na samo "ważenie" sposobów jest wiele: naładowany atom lub drobina (zazwyczaj dodatnio, ale czasem i ujemnie) "poddaje się" i polom elektrycznym i magnetycznym. Pierwszy spektrometr masowy, Astona, z 1919 roku był magnetyczny. Odkrył za jego pomocą, że te same chemicznie atomy (jak np. neon) mogą mieć różną masę, przez co rozpoczął "polowanie" na neutrony. Stałe pole elektryczne stosuje się w spektrometrze czasu przelotu a pole zmienne w spektrometrze kwadropolowym.
Dokładność dzisiejszych spektrometrów jest taka, że pozwalają one nie tylko identyfikować składniki, ale również ich chemiczną energię wiązania (przez Einsteina defekt masy).
A i na samą jonizację są nowe sposoby: za pomocą szybkich laserów, wiązki elektronów, pozytonów ostatnio przez przyłączenie protonu (od zjonizowanej wody H3O+). Szczególnie ten ostatnio sposób pozwala na identyfikację związków organicznych w niebywałą czułością, unikając ich fragmentacji.
Jak pachną truskawki? - wiemy właśnie stąd.